Los orígenes del festival se remontan a fines de los años 70, con el surgimiento de importantes instancias que reflejaron el inminente interés entre músicos, instrumentistas, cantantes y constructores de instrumentos por investigar y difundir la música antigua. En esos años surge la Sociedad Chilena de Música Antigua (1977-1980), se realizan las tres Jornadas Internacionales de Música Antigua y se funda Syntagma Musicum, agrupación que a partir de los años 80 se integra a la Universidad de Santiago.

Tras una década, en 1992, el músico y director local Arturo Junge realiza, en el Goethe Institut, el Primer Encuentro de Música Antigua, que ya en 1993 tomaría el carácter de festival, siendo organizado y auspiciado por el Departamento Cultura USACH, la Liga Chileno-Alemana y la Embajada de Alemania.

Desde entonces, el festival se realizó casi ininterrumpidamente hasta el año 2004  y en él se presentaron una veintena de conjuntos profesionales, vocacionales y escolares que interpretaron no solo música europea de los períodos medieval, renacentista y barroco, sino además repertorio americano de estos últimos dos períodos, normalmente conocido como música colonial o virreinal.

La irrupción de este repertorio en este espacio permitió instalar y generalizar a nivel de gran público la música americana junto a la europea bajo la misma etiqueta de música antigua.

El 2014, después de 10 años sin realizarse, el Departamento de Extensión con la colaboración de Syntagma Musicum, refundó el Festival Internacional de Música Antigua, realizando exitosos conciertos y estableciendo lazos de cooperación con otros Festivales del área de Perú y Bolivia, siendo el único Festival Internacional de Música Antigua en Chile.